針對各界痛批，食安風波凸顯政府缺乏跨部會聯繫問題，中研院副院長陳建仁直言，行政院集合11個部會成立「食品安全會報」，但成效有限。從今起應每2週召開，食安問題才有望通盤解決。前食藥局長康照洲則認為，食安主管單位太多、太雜，可從整合農委會及食藥署開始進行組織改造，以避免「踢皮球」或權責重複的問題。
【食安比照防疫辦理】
台大論壇25日邀集前衛生署長陳建仁、台大毒理所教授康照洲、消基會秘書長雷立芬、義美總經理高志明等人，研討如何改善國內食安管理體系。陳建仁指出，政院為解決層出不窮的食安問題，在2010年就編列近新台幣2億7千萬元預算，以建立食安事件「風險預警、管控」及「危機處理」系統，也數度增加食藥署及各地區管中心人力。
「食安管理至今未盡完善，主因就是缺乏整合性的『預防』措施。」陳建仁解釋，食安會報在2010年2月初，由時任政院副院長的新北市長朱立倫首度召開，納入衛生署、農委會、教育部、財政部、環保署等11個部會，也廣邀主婦聯盟、食品科技學會、營養師全聯會、工總等民間團體參與，但多以問題解決導向為主，會中各項建議也無法確認是否落實，因此難以預防食安事件再度爆發。
【政府組改管理食安】
「食安會報每半年才開1次會，實在太『鬆散』。」陳建仁表示，政院禽流感防治會報在國際禽流感高風險期，每2週召開1次會議，並由研考會追蹤各部會執行成效，提出獎懲，且每年提出新的防疫對策，使2003至2008年間，國內從未有禽、豬及人類感染禽流感；因此食安會報應比照禽流感防治，隔週開會並持續1年以上，食安問題才有機會獲得通盤解決。
「政院層級的食安會報密集召開，才能發揮『監督』效果。」康照洲指出，日本「內閣府」（相當於我行政院）成立「食品安全委員會」，甚至每天都召開會議。他強調，有關食安業務的標準訂立、管理與稽查，不能全由衛福部「球員兼裁判」，高層必須積極介入，才能有具體成效。
除加強跨部會「橫向」聯繫外，康照洲呼籲，政府仍有組改必要，以日前「餿水油」事件為例，有關食用、飼料或工業用油進口的管理責任歸屬不明，造成不肖廠商有機可乘。「農藥歸農委會管，農藥造成的食品重金屬汙染卻歸食藥署管，這是很奇怪的現象。」康照洲說，要在短期內整合出食安單一主管單位很難，但可從農委會及食藥署相關業務著手整併，以避免權責劃分不清或卸責狀況再發生。
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