台灣這波禽流感出現四種高致病性流感病毒，其中三種在台灣首度出現，農委會說是候鳥帶來的，但也有專家質疑，可能是別種原因。
台灣於2週內在7縣市檢驗出現4種本土及外來禽流感病毒，100萬隻以上的雞鴨鵝恐遭撲殺，養殖業者損失慘重。 (來源．法新社)
從一月九日屏東縣大武山一處蛋雞場爆發H5N2亞型高病原（編按：高致死性）禽流感，其後在屏東、高雄、台南、嘉義、雲林、彰化、桃園等縣市，超過兩百個雞、鴨、鵝場爆發禽流感病毒，預估撲殺數量將達一百萬隻以上，創台灣史上撲殺數最高紀錄。
這波禽流感病毒來勢洶洶且威力強大，並且從鴨、鵝感染擴散到產銷量龐大的雞。農委會主委陳保基十九日在立法院答詢時首度坦承：「這波禽流感疫情算是嚴重。」
更複雜的是，到目前為止這波禽流感病毒已驗出四種高病原型病毒，包括台灣原本就存在的舊型H5N2禽流感病毒，屏東縣大武山蛋雞場、台南一處肉雞場都屬於這型；其他三型高病原型都是台灣首度發現，包括新型H5N2亞型病毒、H5N8亞型病毒、H5N3亞型病毒。
農委會家畜衛生試驗所所長蔡向榮分析，H5N8這株病毒與二○一四年韓國爆發的高病原禽流感相似度達九九％。新型H5N2這株病毒的H基因與韓國是同一型，N基因則與二○一一年中國吉林省分離的病毒最相近。
候鳥過境釀災？
三種病毒株，候鳥身上都有
這波禽流感從何而來？官方定調為候鳥帶來的，但民間卻有質疑聲音。
此時正是台灣候鳥過境的高峰期，蔡向榮認為，這波疫情來自候鳥的可能性最大。他提出的證據是，H5N8這株病毒本身就是從候鳥身上分離出來的，韓國、加拿大、美國、日本都曾有三種候鳥分離過這株病毒。另外H5N2、H5N3這兩株病毒的比對也幾乎都來自候鳥。
中興大學獸醫學系名譽教授謝快樂支持蔡向榮說法，他表示，這次爆發疫情的水禽場都位於沿海地區，二○一四年十一月，韓國也才剛爆發禽流感，台灣從十二月起就陸續有水禽發現疫情。西海岸的水禽都是露天飼養，可能有某一批候鳥過境台灣， 看到水禽場有水、飼料，多少會經過。而他推測，這批候鳥糞便裡的病毒量很大，才會同時在這麼多縣市的水禽場爆發禽流感。
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